发行抗疫特别国债确实会在一定程度上增加财政赤字，但这是一种在特殊时期采取的积极财政政策。面对重大公共卫生事件，如新冠疫情，政府需要大量资金来支持疫情防控、提供医疗资源、保障民生以及扶持受疫情影响的企业和个人。通过发行特别国债可以迅速筹集所需资金，同时避免对市场流动性造成过大冲击。

此外，从长远来看，这些措施有助于稳定经济和社会秩序，促进经济复苏，从而为未来的经济增长奠定基础。因此，在特定情况下，适度增加财政赤字以应对紧急情况是合理且必要的。关键在于如何有效使用这些资金，并确保在经济好转后能够逐步调整和优化财政结构，保持财政健康。