太平天国农民战争失败的根本原因在于其自身的阶级和历史局限性。作为一场由农民领导的运动，太平天国缺乏科学理论的指导，未能提出切实可行的社会改革方案。同时，随着运动的发展，其内部出现了严重的权力斗争，如天京事变，这大大削弱了自身的凝聚力和战斗力。此外，太平天国在战略上也存在失误，未能正确处理与其他反清力量的关系，孤立无援。

最终，这些因素共同导致了太平天国运动的失败。这场运动虽然沉重打击了清朝统治，但未能完成中国社会的根本变革。从更广泛的角度看，太平天国的失败也反映了当时中国社会需要更为先进的革命理论和领导力量来推动社会进步。