亚马孙平原人口稀少的最根本原因主要是其自然地理条件限制。亚马孙平原位于赤道附近，属于热带雨林气候区，全年高温多湿，这种环境虽然生物多样性丰富，但也孕育了大量的蚊虫和病原体，容易引发疟疾、登革热等疾病。此外，该地区地势低平，大部分地区被茂密的热带雨林覆盖，土壤相对贫瘠，农业发展受到限制。交通不便也是阻碍人口聚集的一个重要因素。

因此，由于自然条件的限制，如气候、疾病、土壤质量以及交通不便等因素，导致亚马孙平原人口稀少。