请问一下，我该怎么做？

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这种事情你应该向你爸爸汇报反映，然后让他想对策去解决。毕竟他是一厂之主。你跟着学习即可。
不要质疑你父亲的决定，你父亲是过来人，知道该怎么处理这样的问题。你的想法是为长久的发展，但，有些小事，做起来会得不偿失。员工与老板之间，都是利益的维持。让员工爱厂如家，就要对员工如亲人。否则，一切都是空的。其实很简单，就是利益。产值、功效、质量挂钩，有奖有罚，多劳多得，对员工也是最有效的动力。
和该工人推心置腹地沟通一下，让他说明一下对你的不满，你也说明一下对他的不满，然后看看他和你有没有什么折中改变的地方，只要不在基本人品处出现沟通问题，那就是好事
如果出现问题了，就跟老板说明一下吧，看看对方的看法
顺便一提，各人觉得如果问题真的是很小的那种，而老板也并不在乎的话，各人觉得你也不用太在乎，员工工作有时候更看重氛围，而不是质量