影片《水母眼》的故事围绕一名叫正志的小学生展开，小学生正志搬家的时候在一个盒子里发现了神秘的生物，他非常喜欢这个神秘生物并给它取名叫“水母宝宝”。正志搬家后转入了新的学校，一天，他带着“水母宝宝”一起去上学，没想到同班的同学们也带了大人们都看不见的神秘生物“朋友”来到了学校。